資本金とは、会社法第445条第1項では次のように定めています。

(資本金の額及び準備金の額)第445条
株式会社の資本金の額は、この法律に別段の定めがある場合を除き、設立又は株式の発行に際して株主となる者が当該株式会社に対して払込み又は給付をした財産の額とする。
(会社法より引用)

『資本金』は、出資者が会社の設立時もしくは設立後に会社に払い込んだ額の事をいいます。これは、法務局に登記する必要があり、会社の規模や体力を示すものと言えます。
一方『自己資金』とは、事業を行うために自分で用意したお金のことで、借入金は含まれません。資本金は、出資者(自分または他人)が用意したお金ですが自己資金は「自分で用意したお金」です。
そして、この『自己資金』は創業融資を受ける際の要件になっております。例えば日本政策金融公庫の『新創業融資制度』を利用する場合には「創業時において創業資金総額の10分の1以上の自己資金」と規定されています。つまり、創業資金を500万円必要とする場合には、50万円の自己資金を用意しなければなりません。
この要件は、以前と比べて、かなりハードルが下がりまして創業融資を受け易くなるようなりました。